Les appart'hôtels d'Agios Nikolaos offrent une alternative pratique aux hôtels classiques : chaque unité dispose d'une kitchenette ou d'une cuisine équipée, idéale pour les familles ou les séjours prolongés. La plupart se situent à moins de 10 minutes à pied du port ou de la plage de Kitroplateia, avec des prestations comme la climatisation, le Wi-Fi gratuit et parfois une piscine avec vue sur la mer. Les budgets varient, avec des options économiques à partir de 50 € par nuit pour un studio et des adresses plus haut de gamme autour de 100-120 €, comme le Celine Luxury Apartments & Suites (note 9,7) ou le 9 Muses Apartments (note 9,6).
Pour choisir, privilégiez le quartier central autour du lac Voulismeni et du port, où se concentrent restaurants et commerces. Le Havania Apartments, à 200 m de la plage d'Havania, propose un parking privé et une piscine entourée de jardins, tandis que le Primavera Paradise Apartments, à 3 km du centre, offre un meilleur rapport calme/tarif. Vérifiez si le stationnement est inclus (souvent gratuit dans les résidences excentrées) et si la navette aéroport est payante - elle coûte environ 30-40 € pour Héraklion. Réservez tôt en haute saison, car les appartements avec vue sur la baie de Mirabello partent vite.