Les hôtels boutiques de Tōkyō se distinguent par leur design soigné, leur emplacement central et leurs prestations haut de gamme. On les trouve principalement dans les quartiers de Shibuya, Shinjuku, Nihonbashi et Minato. Les tarifs débutent autour de 150 € par nuit pour des établissements comme le Citadines Shinjuku, et peuvent atteindre plus de 500 € pour les adresses emblématiques telles que le Park Hyatt ou le Mandarin Oriental. Ces hôtels offrent souvent des vues panoramiques, des bars sur le toit, des spas, des piscines intérieures et une gastronomie étoilée.
Parmi les adresses incontournables, le Park Hyatt Tokyo (Shinjuku) occupe les étages 39 à 52 de la Shinjuku Park Tower et abrite le Club On The Park, un spa de 2 100 m2. Le Mandarin Oriental, dans le quartier historique de Nihonbashi, propose 12 restaurants dont le Pizza Bar on 38th, et un spa primé au 37e étage. Le Shangri-La Tokyo, adjacent à la gare de Tokyo, offre des chambres avec vue sur le jardin impérial et une piscine intérieure chauffée. Pour une ambiance plus décontractée, le Citadines Shinjuku propose des studios avec kitchenette, et l'Agora Place Asakusa une option économique près du temple Senso-ji.